Yaiba является часть ответвлением основной линии повествования Ninja Gaiden. Главным героем является Яиба, ниндзя павший от руки Рю Хаябусы, главного персонажа сериала. Река Усьва могла бы стать отличным местом погребения зомби, с которыми, по сюжету игры предстоит бороться. После смерти от руки Рю, воин был воскрешен учеными крупной корпорации.

Лара и Макс, протагонисты первой серии игрового проекта Memento Mori, отмечают свой медовый месяц в Южной Африке. Однако их праздничное настроение портит телефонный звонок от их босса, следствием которого стало расследование факта кражи музейных экспонатов в Кейптауне...

В будущем — лагерь для интернированных, где живут мутанты, лишившиеся свободы. В настоящем — непрекращающееся противостояние с Братством злых мутантов во главе с Магнето. В прошлом — возможность предотвратить господство Стражей, а значит, грядущую для мутантов изоляцию. Благодаря своим способностям путешествовать во времени, Китти Прайд, живущая в будущем, предупреждает нынешних мутантов о том, что их ждет.

Опасное, приключение ждет вас в на странном острове. По просьбе старой знакомой, вы отправляетесь к Пику Холода, чтобы спасти ее вместе с дочерью. К своему ужасу, вы узнаете, что жизнь на острове сильно изменилась. Местные жители, одержимые страхом перед предполагаемыми ведьмами, буквально устроили на них охоту. Достаточно ли у вас смелости остаться на острове на раскрыть все его тайны?